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从权利人的角度出发，通过刑事司法手段，适用刑事法律规范，能更加充分的保护其商业秘密，也能更彻底的惩治、威慑侵权行为人。但是，圉于刑事司法客观条件和现状，权利人启动刑事司法程序，困难重重。一方面，因商业秘密所具备的“智力成果”特点，其价值或受侵犯后的损失，难以立即查明并作为证据提交给公安机关，而损害后果达到法定标准又是侵犯商业秘密犯罪刑事立案的决定性依据，通常，公安机关认可权利人提交的关于损害后果的鉴定意见，并据此立案，但是，在后续侦查、起诉程序中，权利人自行委托的鉴定机构所做的鉴定意见，又并不能独立成为定罪依据，相关机关必须自行组织鉴定并取得鉴定意见，供人民法院定罪量刑所用，显然，“重复”鉴定势必造成资源浪费，但权利人不自行委托鉴定又无法完成刑事立案，陷入了“恶性循环”。另一方面，对侵犯商业秘密犯罪行为立案侦查，要求办案人员具备较强的专业技能，尤其要具备商业秘密领域的法律知识和相关专业知识，而相关机关此类人才匮乏，一定程度上增加了权利人通过刑事司法手段保护其商业秘密的难度。

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